经济主权是政治主权的基础，也是国家经济安全的重要内容。保持经济主权的独立是中国对外开放的前提，也是实现经济繁荣、国家富强、民族自决的重要保障。一国的经济主权不仅体现在领海、领土的管辖与治理权，更重要的是集中在经济自主决策权。
当前，活跃在中国境内的境外利益集团，通过各种方式，越来越多、越来越深地介入中国经济决策。有关中国的经济主权受到侵蚀的话题越来越引起关注。
一是影响中国重大决策。美国现任国务卿在任国家安全顾问时，就特别强调，在军事对抗、政治角力、经济竞争的同时，应当更加注重对目标国知识精英的影响。境外利益集团利用在华获得的丰厚利润，自己培育并拥有分析师，或高薪聘请优秀华人学者担当顾问或独立董事，通过境内外媒体精心包装、刻意打造，提供各类活动舞台，提高其知名度、美誉度，从而成为中国国内行业精英，拥有强大的话语权，以期影响行业乃至国家宏观经济决策。
如中国的国有企业股份制改造、股权分置改革、引进境外战略投资者、海外上市等谋划时，表面是相关经济学者在呼吁，实际都或多或少渗透着美国金融机构、智囊机构的决策诱导。其中，某些市场化、国际化倾向，有可能使国企逐步沦为外企的并购对象，乃至市场被控制或垄断。
从另一面看推进中国优质大型企业或国有垄断企业境外上市，既要为外国金融服务机构提供巨额咨询、审计、评级、承销费用，又造成中国财富通过“分红”形式输送到境外，如中石油、中石化、中国移动、中国联通四家公司当初境外上市融资不过百亿美元，但是随后四年海外分红就超过千亿美元。
二是影响中国立法。某些跨国公司在中国大举并购，当中不乏涉及谋求或实现市场垄断的情形。起草和颁布《反垄断法》是解决外资并购垄断问题的重要手段，但是境外利益集团与国内相关利益集团一道施加影响，致使《反垄断法》推迟出台达十多年之久。
三是影响中国政府威信。中国政府明文规定，中国金融实行分业经营、分业监管。但习惯且擅长全能运作的某些外资机构，利用中国混业监管上的某种缺失，加速在中国金融业的网状布局，有关外资金融机构已在华拥有银行、证券、保险等多种分支机构，“明目张胆”地实施混业经营。
为抑制房地产市场泡沫膨胀，自2004年开始，中央政府实施以紧缩银根为主的宏观调控。但是，若干外资机构凭借其强大的经济实力以及独特的优越地位，向本土房地产公司提供包括融资在内的各类金融服务。一些国际顶级公司，直接或间接进入中国房地产市场影响房价。
在境外利益集团的影响下，有的部门与机构，扩张自己的部门利益、局部利益以及部门局部中的小团体利益，为此往往不惜采取欺上瞒下的方式，误导高层决策。
四是影响中国法律威严。一些外企集体抵御《劳动合同法》出台，是因为这类外企违法用工比比皆是。有的外企一直不与劳动派遣者签订劳动合同，目的是随时可以辞退这些员工，而且不用支付赔偿金。
依法纳税是每个公民与法人的义务，依法征税是每个国家的税收主权。不少在华外企长期存在“长亏不倒”和“越亏损越投资”的怪现象，2005年账面亏损的外企占总数60%以上，其实质大都是通过各种避税手段转移利润，并通过各种公关活动持续避税获利。国家税务总局的不完全统计资料显示，一些跨国公司利用非法手段避税，每年给中国造成税收收入损失保守估计达300亿元以上。在中国经济年均增长约10%、税收年均增长高达20%～30%的态势下，2004年外资（包括港澳台商企业）百强纳税增长率为零。
中国《工会法》规定，在中国境内的企事业单位、机关中的劳动者，都有依法参加和组织工会的权利，任何组织和个人不得阻挠限制。但是，某些外企以“建立工会组织不符合国际惯例”等理由拒绝员工参加和组织工会。在华外企近50万家，雇用职工2000多万，但是组建工会的外企不到20万家。
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